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De
novo Sequencing
通常のMS/MS測定によりデータベース検索を行ったが、NCBInrデータベースでは何もヒットしなかった。比較的きれいな（S/Nの良好なピークから成る）MS/MSデータが得られていたことから、ヒットしなかったのはこの蛋白質がNCBInrデータベース上に存在しないと推測された。実際に顧客に確認したところその通りであることが判明した。しかしながら、ある特殊なデータベースプロジェクトとしてネット上で遺伝子配列が参照できることが分かった。
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MS/MSデータから数学的にアミノ酸配列を算出するDe
novo sequencingを行った（図はピーク730のデータ）。数学的に行うためにデータの質量精度が結果の精確さ左右し、例えばK(Lysine）とQ（Glutamine）を区別するためには0.036(amu)を識別するだけの精度が必要とされる（それが可能な質量分析装置としてはQ-TOFが必須で、さらに高精度測定を行う専門的な技術が必要）。
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De
novo sequencingで得られたアミノ酸配列を用いて、特殊データベース（DNA）からBLASTサーチを行ったところ、100%マッチのヒットを得た。
3つのMS/MSデータについてそれぞれ100%マッチのヒットが得られ、3つの結果を照合すると共通の配列（蛋白質）が1つに決定した。
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BLASTサーチにより1つに決定された配列（DNA）を変換して得られたアミノ酸配列データを用いて、先に得られた全MS/MSデータを検索すると、さらに4つ、計7つものMS/MSデータが一致した。
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赤文字は実際に得られたMS/MSデータにヒットした配列部分を示す。個々のデータのピークの帰属状況も、yシリーズイオン中心の帰属により確証性が高かったので、この蛋白質にほぼ間違いないことが判明した(前述のように他の蛋白質では一切ヒットしなかった)。データの分子量も実際とほぼ一致したことや、その他の情報、状況、サンプルの由来部位などから、蛋白質サンプルがこの配列をもった蛋白質であることがほぼ確実になった。
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